集菌仪的作用是检验供试品是否含菌的仪器，配套集菌培养器使用。主要用于注射用无菌制剂的无菌检测，包括抗生素类及含有抑菌成份的药品、大输液、水针剂、灭菌器具、无菌注射用水等。集菌仪是集菌培养器的配套使用仪器，通过集菌仪的定向蠕动加压作用，供试品被过滤并在滤器内进行培养，以检验供试品是否含菌。

原理和目的都有点差异。
都是薄膜过滤法，集菌仪做无菌结果要求无菌，微生物限度的话是可以有菌的，集菌仪上面放反复使用培养器的话是可以做纯化水微生物限度的。微生物限度检测仪比较贵，集菌仪相对，一万多就可以买到了。

2、检验要求环境不同
（1）无菌检查是在洁净的A级单向流通空气区或隔离系统中进行的。整个过程应严格遵守无菌操作，防止微生物污染。必须验证单向气流区域和工作台的清洁度。生物制品的无菌检验按照《中国生物制品规程》中有关无菌检验的规定执行。
（2）微生物限度检查：微生物限度检查应在环境洁净度10000级以下的局部洁净度100级的单向气流区进行。整个检验过程必须严格遵守无菌操作，防止再污染。

1、检验方法不同
（1）无菌检查是指对药典规定的药品、敷料、缝线、无菌器具等品种进行无菌检查的方法。
（2）微生物限度检查是检查非杀菌剂及其原料、辅料的微生物污染程度的一种方法。

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